收费标准混乱
从收费性质上来说， 收费还贷和收费经营是目前我国高速公路的两种主要的收费形式。收费还贷指高速公路收费主要用来偿还工程贷款，一旦还清贷款便终止收费;而收费经营则是经营公司在近25~30年的收费经营期限内进行经营，之后由政府免费提供给公众使用。高速公路收费标准的制定要坚持效益、收益和公平的原则。然而，当前来说，高速公路收费标准尚缺乏统一的收费标准，定价的方法、标准及审批机构尚待进一步统一，严重影响着收费标准的建立。多数省份没有规定细致的收费标准，而省份之间的攀比又导致收费标准一路攀升，进而造成了较高的运输成本，严重影响到公路运输的竞争力，也极易招致社会舆论的谴责。
稽查工作力度较弱
高速公路设立收费项目， 可以有效保障高速公路的建设及养护，并为及时偿还工程贷款提供资金支持。
要有效开展高速公路收费工作，保持正常的收费秩序，就必须实时监督各收费站的收费管理工作及过往车辆缴费状况，这样才能保证收费工作的依法、有序进行。因此，高速公路收费管理的另一个重要方面就是对收费工作的监督与管理。但目前，高速公路收费工作的稽查工作还存在不少薄弱环节。举例来说，由于高速公路通行能力的增强，许多货运依靠高速公路来完成，但其实行的计重收费标准使得货车的过路费有所上升，部分货车司机受经济利益的驱使绞尽脑汁地逃避缴纳通行费。这种行为在严重影响收费管理工作的同时，还会给部分工作人员留下空子，他们为了谋取私利而与通行司机相勾结，严重影响到收费工作的管理及效益。
