多灵菌的使用的方法有四种，一是可以用来给植物消毒，二是来处理植物的伤口，三是喷洒在植物叶子上，防止虫害的发生，四是与植物的盆土混合在一起使用。
给植物消毒的方法，首先将要进行消毒的植物浸泡在多菌灵溶液里2分钟左右，然后将植物放在阴凉的地方阴干两天。最后用清水洗一下就可以了。给植物消毒的作用是可以预防植物的腐烂。
处理植物的伤口，植物嫁接或者扦插的时候会对植物进行剪切产生伤口，将多灵菌涂在植物伤口上，放在通风处，等待伤口愈合，具体愈合的时间要看植物的伤口大小确定。
将多灵菌喷洒在植物的叶子上，将多灵菌和水混合水变成白色的液体，喷洒在叶子上去虫害，但会留下一些白色的痕迹。给植物换盆土的时候，加点多灵菌的粉末搅拌使用，也可以起到消毒作用。
