两者最根本的区别在于，有氧运动属于有氧代谢，而无氧运动属于无氧代谢，前者运动能量来源于体内蛋白质、淀粉等，而后者主要由糖分提供，有氧运动时一般最大心率在60%~80%之间，无氧运动会达到170~180次每分钟以上。
有氧运动是人体在氧气充分供应的情况下进行的体育锻炼，而无氧运动是指肌肉在“缺氧”状态下告诉剧烈的运动，前者属于有氧代谢，后者属于无氧代谢，这是它们最根本的区别。
再者有氧运动所需要的能量主要是通过氧化体内的蛋白质、淀粉、脂肪等在提供的，所以运动的时候全身大部分肌肉都会参与，而无氧运动需要的能量由糖分提供，并不是脂肪和蛋白质，所以在进行剧烈运动的时候，会有肌肉酸痛的感觉。
有氧运动强度低，持续时间长，在运动的时候最大心率一般在60%~80%之间，而无氧运动在运动的时候要求速度快，爆发猛，基本上心率会达到170~180次每分钟以上，从而达到一个无氧供能的目的。
