奥运会期间，铁路部门的工作目标是：确保各铁路单位不发生责任食品中毒、责任饮用水污染和甲类传染病疫情借铁路传播事件；确保及时有效地处理铁路突发公共卫生事件。
奥运会期间，铁路卫生保障工作的主要任务有九项：一是加强疾病控制，重点做好鼠疫、霍乱防控工作；二是组织食品卫生检查，强化站车餐饮卫生治理；三是规范饮用水卫生治理，做好列车供水和瓶装水检测工作；四是开展铁路沿线环境治理，解决城市区段垃圾污染问题；五是提高鼠蟑防控力度，控制站车鼠蟑密度；六是加强空调通风治理，开展空气消毒工作；七是建立突发公共卫生事件应急处理机制，做好应急处理预备；八是做好专业技术人员和客运人员卫生知识培训工作；九是开展卫生知识宣传教育活动。
铁道部劳动和卫生司、国际合作司、运输局负责协调奥运会期间铁路卫生保障工作，做好与北京奥组委、卫生部的协调工作，研究部署卫生保障措施。铁道部成立奥运会卫生保障专家咨询组；各铁路局成立奥运会铁路卫生保障工作领导小组和办公室；各铁路局劳卫处（部）负责协调本地区的铁路卫生保障工作。
