2010年1月19日23时25分，杭州东站的列车时刻显示屏上，只剩下K287次列车的信息，乘坐这趟列车的72名旅客是这个站18年来送走的最后一批客人。随着列车驶离站台，17名身穿铁路制服、戴着白手套的客运职工面向列车肃立敬礼，许多人眼眶湿润。列车出站，杭州东站正式封闭施工。
1992年4月1日，在铁道部 “中取华东”、建立 “华东二通道”的战略部署中，杭州东站正式开站，为原杭州铁路分局直属站，它的功能是辅助杭州站办理部分客车作业。
开站时担任车站工会主席的陈美法回忆说，虽是分局直属站，但规模很小，全站只有74名职工，2个办理客运的站台和1个500平方米的候车室，每天只接发4对旅客列车，日均发送旅客仅百余人次。
1996年11月21日，上海铁路局调整运输生产力布局，撤销杭州东站直属站编制，成建制并入杭州站。次年4月，被称为 “城站”的杭州站开始在原址拆除重建，杭州东站经适当扩建后，接过了杭州站的所有客运任务。
这是杭州东站历史上最辉煌的时期：每天接发旅客列车100多对，日均发送旅客达到4.5万人次。特别是在1998年和1999年的两年春运中，职工们克服行车设备相对落后、站台设施相对简陋、候车场地狭小等困难，恪尽职守，圆满完成了运输任务。全国 “五一劳动奖章”获得者、客运员赵红卫就是在杭州东站简陋的条件下，首创了千方百计为旅客服务的 “雷锋角”，后来发展为驰名路内外的服务品牌——“迎宾第一岗——赵红卫服务台”。
1999年12月28日，新建成的杭州站启用，杭州东站成为杭州站所属的一等客运站。杭州站主要承担到发杭州的旅客列车作业，杭州东站承担90%以上的过路旅客列车作业，每天达到60多对客车，日均发送旅客1万人左右。
但因杭州东站建造时标准较低，已不能满足为旅客提供优质服务的需求。随着经济形势的发展和上海局率先实现东部铁路现代化的要求，铁道部与浙江省签署协议，决定重建杭州铁路枢纽，杭州东站完成历史使命绚丽谢幕。
2012年底，一个全新的杭州东站将在原址再现。新站将是全国铁路九大枢纽之一，也是长三角地区最重要的现代化综合交通枢纽之一。站场总体规模为18台34线，总建筑面积约24万平方米。其中站房面积约8万平方米，总投资约19亿元，属特大型交通建筑。
这个建筑主体外形酷似钱江潮形态的新客站，将以高铁、普铁、地铁、城市公交、运河码头和拟议中的磁悬浮列车6种交通工具 “零换乘”的特点，成为 “天堂”杭州的迎宾窗口。
