据台湾媒体报道，高铁通车六年来，财务困境未见好转。高铁公司三年前经融资重组，降低利息负担，完成首阶段改善，今年第二阶段财务改善方案中，提出特许期从35年延长至99年，以降低折旧摊提负担；高铁局指出，依合约机制审慎评估中。
高铁公司主张，因遭遇九二一大地震、台湾外经济情势变动等不可抗力因素，运量及营收不如预期，且法定优待票差额自营运至今年四月已累计达77亿元新台币，政府均未补贴，随运量增加，差额每月增加1亿元新台币，因此提出延长特许期。
高铁局指出，高铁公司财务改善方案中，看不到具体试算资料、执行作法及时程规划，应尽快补齐。
