为了在二期基础上增加地铁的覆盖功能，轨道三期不仅计了更多的换乘站，而且将最大限度采用就近换乘的原则，就是把换乘站，设在客流量集中和小区密集的地段。25公里长的九号线，设计换乘站就有十个，其中设在上梅林的换乘站，将是一个重要枢纽。
由于增加了换乘站，三期工程的多层地下车站增加，这也将大大增加施工难度。比如九号线的大剧院站，已经有两条地铁线路，还有地下过街人行通道，新站将建在地下的负四层。而车公庙站将实现1号、7号、9号、11号四条线路换乘，设计为地下五层，最下面的一层地铁站，深度达到地下四十米左右。
记者还了解到，11号机场快线修通前，从广深高速鹤洲段，正在规划就近新修一条直通T3的高架路，让深圳市区的车辆从新路进入机场T3航站楼。
