新华社报道，统计数据显示，自2001年1月2日“小三通”客运开通，至今年4月30日，12年来运送旅客1000.61万人次。其中三条固定班轮航线，厦门至金门航线载客898.48万人次，福州马尾至马祖航线运送旅客47.97万人次，泉州石井至金门航线载客52.74万人次。
“小三通”是福建沿海地区与金门、马祖、澎湖的海上直接运输。“小三通”客运航线从个案运输，不定期航线运输、相对固定航线运输到目前的定期班轮运输，航班次数不断增加，航班越来越密集，为两岸民众提供越来越多的便利。
目前，福建沿海已开通厦门—金门、福州马尾—马祖、泉州石井—金门3条定期客运航线，漳州、泉州、宁德和莆田湄洲岛至金门、马祖、澎湖的6条不定期客运航线。开通的对台客运码头有厦门东
渡厦金客运码头、厦门五通海空联运码头、福州马尾客运码头、泉州南安石井客运码头、莆田湄洲岛对台客运码头等。“小三通”客运航线共投入18艘船舶，每天航班达46个班次。
2001年1月2日，台湾地区“台马轮”运载500多名香客从马祖首航福州马尾；同日，“太武号”“浯江号”客轮运载金门180人从金门直航厦门，“小三通”正式启动，拉开了两岸直接往来序幕。
