2012年，青岛市制定《墨水河流域生态补偿暂行办法》，以“治理者受益、污染者赔偿”为补偿原则，对达到年度水质考核目标且比上年有所改善的区、市，由市级财政进行奖励;未达到年度水质考核目标的区、市，则需上缴生态补偿资金。各交接断面的基准补偿资金在50万元-100万元不等，另外需按照化学需氧量、氨氮、色度指标各自所占权重，计算具体的奖励和缴纳补偿资金。
旨在进一步探索流域污染防治生态补偿机制，积极促进墨水河治理，解决跨区域河流综合治理难题。青岛市环境监测中心站积极配合，层层把关，组织综合室、分析室、质量管理科、环境监测科四科室联动，规范点位、精确标准，根据墨水河流域干、支流分布和区域相互影响情况，确定团彪水库入口等4个干流控制断面和虹字河、仇家沟等14个排水支流和沟渠作为墨水河流域生态补偿的监测断面，并实施了该流域断面的水质有效监测。与此同时，针对墨水河流域水质现状、主要污染物排放的情况及化学需氧量、氨氮、色度三项水质指标，重点加大了该流域干流及较大支流排水口的现场调查和样品采集监测，在加强监测数据分析的同时，密切关注该流域断面的变化状况，确保了监测数据精确有效，为上级决策和环境管理提供了科学的数据支持。 该专项监测的圆满结束，为进一步推动墨水河干流及较大支流所流经的区域污染治理能按期达到规定的水质目标，发挥了积极作用。
