上海站铁路口岸是目前上海唯一的陆路口岸，主要服务对象为上海往返香港九龙的沪九直通车。2003年10月，上海站铁路临时口岸正式开通，沪港列车自此从“东方明珠”上海出发，直通“东方之珠”香港。此次上海站铁路口岸的正式开放，将成为进一步深化沪港合作的重要载体，也标志着上海口岸形成“水运、航空、陆路”齐全的开放格局。
自入驻上海站铁路口岸以来，上海铁路检验检疫人坚守岗位、严把国门，始终以专业的技术能力和热情的服务态度做好检验检疫各项工作：他们认真做好机构调整，根据国家质检总局和上海检验检疫局要求，稳步推进上海铁路检验检疫局的正处级机构筹建工作，进一步加强对上海站铁路口岸的支持力度；严格守卫国门安全，检验检疫铁路口岸出入境旅客累计超100万人次，做好体温复测、流行病学调查、转诊医院等各项工作，实现铁路口岸疫情的“零发生”；科学配置现场格局，根据核心能力建设要求认真做好口岸现场技术用房改造，做好资源整合和功能定位，初步形成“更合理、更先进”的口岸现场实验室格局；积极加强区域合作，主动沟通、友好协商，与铁路上海站、海关、边检、医院等单位建立顺畅有效的沟通协调机制，实现了区域联动互动的生动局面；成功应对重大考验，出色完成非典、甲流、禽流感等多次疫情的防控任务，圆满完成奥运、世博期间来沪客流大幅增加等重大国际赛事活动的服务保障工作，成功处理包括旅客突发晕厥、产妇临盆等28起较为严重的公共卫生突发事件，有效提升了检验检疫工作的影响力和美誉度。
