1、应用领域不同：一水柠檬酸主要用于食品、饮料行业，作为酸味剂、调味剂及防腐剂、保鲜剂。还在化工行业、化妆品行业及洗涤行业中用作抗氧化剂、增塑剂、洗涤剂。而无水柠檬酸主要用于食品、饮料行业作为酸味剂、酸度调节剂、调味剂及防腐剂、保鲜剂。无水柠檬酸在国民经济中有广泛应用，许多工业部门都需要无水柠檬酸。使用无水柠檬酸最多的部门是化学药品的制造，其次是造纸、炼铝、炼钨、人造丝、人造棉和肥皂制造业。另外，在生产染料、塑料、药剂及有机中间体，旧橡胶的再生，制金属钠、水的电解以及无机盐生产中，制取硼砂、铬盐、锰酸盐、磷酸盐等，也要使用大量的无水柠檬酸。同时无水柠檬酸是生产聚碳酸酯、超级吸收质聚合物、沸石、环氧树脂、磷酸钠、亚硫酸钠和大量钠盐的重要原材料之一。
2、化学性质不同：一水柠檬酸遇明火、高热或与氧化剂接触，有引起燃烧爆炸的危险，而无水柠檬酸在干燥空气中有风化性，在潮湿空气中有潮解性，175℃以上分解放出水及二氧化碳。
3、分子量不同：一水柠檬酸的分子量为581，而无水柠檬酸的分子量为420。
4、物理性质不同：一水柠檬酸的相对密度为1.542，熔点153℃，折射率 1.493~1.509，溶液结晶临界温度36.6℃。而无水柠檬酸性质：密度1.54，熔点135-152℃，闪点173.9℃，水溶性1630 g/L 。
