1、对应软件版本不同：.xls文件扩展名对应的是Microsoft Office EXCEL 2003及以前的版本。.xlsx文件扩展名对应的是Microsoft Office EXCEL 2007及后期的版本。
2、核心结构区别：.xls文件是一个特有的二进制格式，其核心结构是复合文档类型的结构。.xlsx文件的核心结构是XML类型的结构，采用的是基于XML的压缩方式，使其占用的空间更小。
3、软件兼容不同：.xls文件既可以用Office EXCEL 2003版本打开，也可用Office EXCEL 2007及后期的版本打开。.xlsx文件只能用Office EXCEL 2007及后期的版本打开，Office EXCEL 2003版本使用不了。xlsx格式的文件的。如果要用Office EXCEL 2003版打开。xlsx文件，可以安装Office兼容性补丁包，通过应用兼容性补丁包，Office EXCEL 2003的用户可以打开、编辑、保存。xlsx格式的文档。
