在日本，列车运行几乎完全根据时间表，出门前可以先查好发车时间和换乘时间，这样就能做到心中有数，最合理地安排时间。
历史展区是铁道博物馆的核心展区，主要展出包括6辆皇室专用车在内的35辆列车实物，同时还陈列有各时期的重要文献资料，以及根据实际车辆制作的各种精美模型。这里按不同的时期和主题进行划分，详细介绍了从明治初期日本铁道的形成到现代的铁道技术，以及铁道系统的变迁和历史。
日本最早的蒸汽机车是1871年日本明治时期由英国制造的，上个世纪五十年代末六十年代初，日本铁路进入电气化时代，1964年东京奥运会前夕，连接东京和大阪的首辆新干线列车投入运行，当时也是全世界第一条载客营运的高速铁路系统。经过几十年的技术革新和经营改革，安全、快速、高效的新干线不仅成为日本社会发展的重要基础，也成为日本国家形象的重要组成部分。
展区中央圆形展台上的一辆老式蒸汽机车每隔几个小时就会进行一次实景演示，在汽笛长鸣中再现其当年的雄风。很多车辆还对观众开放，人们可以登上这些老旧的列车四处看看。从蒸汽机车到电力机车再到新干线的问世，观众在历史的车轮中穿梭，体会科技进步带来的时代变迁。
