灾毁恢复重建项目管理以交通运输主管部门为主。交通运输部将根据各省交通运输主管部门上报的普通国省道基础设施灾毁量统计数据、灾毁视频，结合气象、地震、水文等有关部门发布的灾情信息审核确定灾毁情况。
财政部、交通运输部根据灾损情况，共同商定普通国道、省道灾毁恢复重建专项资金年度支出的规模。专项资金的补助标准按不超过重建项目工程造价的50%控制(西藏、青海分别按100%和70%控制)。
《办法》要求，专项资金实行财政专项转移支付，专款专用，不得用于平衡公共财政预算。各省财政、交通运输主管部门要采取有效措施，加强对专项资金的管理和财务监督，保证专项资金得到科学、合理、安全、有效使用。对单位和个人违反国家方针政策、法律、行政法规和有关规定，截留、挪用等行为，财政、交通运输等主管部门应及时制止、纠正，并严格按照相关法规予以处理。
