一是完善两岸水上客运服务体系。其中，推进两岸邮轮运输成为新亮点，鉴于尚无两岸资本并在两岸登记的邮轮，交通运输部特许大陆企业包租外籍邮轮于2013年上半年从事6个航次的试验性赴台旅游运输。预计2013年上半年大陆乘坐邮轮赴台旅游人数高达1.5万人，将创出历史同期新高。
二是构建两岸便捷的运输和物流通道。积极拓展两岸海上直航，加大投入，加快完善两岸“三通”的基础设施和条件。
三是推进宽领域、深层次、常态化合作。做好“东海救101”专业救助船赴台访问工作，共同传承和弘扬妈祖文化和救捞精神。组织做好两岸海运论坛等交流活动。推动建立两岸搜救合作机制，在搜救、救助、打捞、海事、船舶防污染等方面加强协作。引导和鼓励行业协会和相关科研院校与台对口单位签署战略合作协议，建立交流合作机制。
四是促进相互投资和市场开放。ECFA(海峡两岸经济合作框架协议)服务贸易协议今年有望签署，落实该协议交通运输领域的开放内容，促进两岸交通运输领域的相互投资。促进两岸交通运输企业特别是港航企业的联营、联盟等合作，共同维护和巩固两岸“三通”成果。
五是组织有关方面，加强经济形势和市场分析，实施集装箱运价备案制度，强化市场监管，及时发布航运市场情况信息，引导两岸港航企业健康、可持续发展。
据悉，自2008年底两岸“三通”全面启动以来，两岸交通运输业界建立了每年两次的定期协商机制。
宋德星在回顾2012年两岸交通运输交流情况时指出，去年，两岸直航港口扩大到85个，集装箱航线、客运航线分别达到29条、7条;两岸海上货运量、客运量分别完成6250万吨、166.4万人，承担了两岸99%以上的货运量和21%的客运量，特别是福建平潭至台中港的高速客运航线实现了常态化运营，2012年大陆至台湾本岛水路客运量达17万人次，比上年增长了约70%，为两岸经贸发展和各领域的交流合作创造了有利条件。
