为了更好地优化运能，从6月1日零时起，南京站部分列车的停站及运行时刻进行微调，少数列车“变点”较大。
从6月1日起，涉及南京站调整运行的列车有：南京西-常州5131次南京西改为17:44发车、南京站18:09发车，并增加丹阳站办理客运业务；南京西-北京T66次南京西由现在发车时间23:32提前至22:52发车，南京站发车时间仍为23:52；南京西-乌鲁木齐K594次南京西改为18:36发车、南京站停站发车时间改为18:44/19:04；南京-上海的沪宁线末班动车组D5449次，南京站推迟至20:05发车，并增加镇江站上下车办理客运业务。
同时，以下旅客列车从6月1日起增加办理客运业务的停站：常州-北京K162次、上海-长春K516次、镇江-北京1478次增加青县站办理客运业务；杭州-太原1582次增加梁山、前磨头、藁城办理客运业务；杭州-齐齐哈尔1342次增加平原站办理客运业务。
