轨道三期工程包含6号线、7号线、8号线、9号线以及11号线。所有线路合计总长约171.5公里，车站102座。规划实施后，深圳轨道交通网络线路总长将达到350公里。目前，轨道交通11、7号线工程，已全面进场施工。由于地铁7号线线路东西向横穿深圳市区，覆盖不少住宅及商业区，因此备受市民关注。
7号线连接布心、田贝、笋岗、华强北、福田南、车公庙、龙珠、西丽等片区，是联系原特区内主要居住区与就业区的局域线。共设28座车站，将填补西丽片区的地铁空白。
9号线将会经过红树湾、景田、梅林、银湖、园岭、鹿丹村以及文锦。而6号线工程位于宝安区和光明新区，起自深圳北站，沿线覆盖龙华、石岩、光明、公明，终点位于松岗。8号线起点为罗湖国贸片区，在小梅沙终点站采用单回转线折返，拟采用中低速磁浮方案。11号线路为机场线，起自福田站，将会经过机场、沙井等片区，终点松岗碧头。按照现有计划，轨道11号线、7号线、9号线三条线路都将在2016年实现通车运营。
