试运营期间，金山铁路运营方在充分调研的基础上，考虑到早晚班高峰期，多次调整列车时刻表。目前在上海南站与金山卫站之间，日开行列车36对，周一至周五工作日设置直达车18对，双休日设置直达车20对。极大方便了金山和上海市民出行，有力地推动了金山与上海市区融合联动。票价方面，上海南站至金山卫站之间全程票价仍保持10元，3元起步。旅客可持公交卡或铁路客票乘车，站车实行自助式服务。沿线各站进出口均设有服务中心，提供公交卡出售、充值，发售铁路车票、补票、退票和应急处置等服务。车站设有人工售票点，同时，为应付大客流情况，还设有自动售票机。车票不记名，票面无席位，旅客上车后可先到先坐，无需对号入座。
对于金山铁路今后发展，会议提出，应在摸清客流总体需求的基础上，进一步改善周边公交配套设施，力求实现公交和铁路的一体化运营。此外，稳定、优惠的票价也是吸引客流的重要因素之一，还应在现有P+R停车市级补贴机制的基础上，针对远郊区制定差别化政策，允许进一步降低收费标准，吸引客源。
