地铁3号线起自京沪普速铁路林场站，沿线经过江北浦口区，江南下关区、玄武区、白下区、秦淮区、雨花台区和江宁区等重要片区，终点位于江宁区的秣周路站，线路全长约43.5km，其中高架线约1.2km，地下线约42.3km，共设28座车站，分别为林场站、火炬南路站、泰冯路站、京新村站、浦珠路站、滨江路站、五塘村站、干休所站、南京站站、新庄站、市政府站、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、长乐路站、雨花门站、卡子门站、大明路站、站东路站、南京南站站、宏运大道站、秦淮路站、胜太西路站、天元西路站、高湖路站、双龙大道站、吉印大道站。不过，线路调整后，高湖路站就消失了，取而代之的是清水亭西路站。“一方面是高湖路站地质勘探不太理想，另一方面我们考虑到线型、站位、客流等多种因素。所以不再走高湖路而走清水亭西路。
