2010年元旦小长假期间（2009年12月31日——2010年1月3日），运营分公司广大员工坚守岗位，用心服务、抢抓客流，4天共计安全运送乘客179.95万人次，日均客流44.99万人次，其中1月1日客流达到52.41万人次，创单日客流历史新高，实现新年客流开门红。
元旦节日期间，南京天气晴好，广大市民外出游玩、购物和短途出游，拉动了地铁客流的大幅上升。4天日均客流44.99万人次，比去年同期日均客流37.86万人次增长了18.83%，高于去年同期增幅（13.27%）5.56%，也高于去年十一黄金周前四天日均客流（41.01万人次），4天日均客流创节期日均客流新高。1月1日客运总量达到52.41万人次，平均每载客列次载客1464人，突破了2009年5月1日47.74万人次的记录，也改变了往年在“五一”、“十一”才产生最高客流的规律。从分时段客流来看，客流最大高峰在14：00—15：00，全线1小时进出站客流合计达8.2万人以上，最大断面客流在下行珠江路和新街口区间，为12964人。从车站客流来看，新街口客流占全线客流的22.87%，高于去年五一20.48%的比例，新街口、三山街、安德门、中胜均创历史客流新高，分别达119860、52595、47824、17305人次。
据分析，地铁元旦期间客流的大幅上升，一方面与天气晴好有关，另一方面与元旦距离春节时间长、整个经济复苏有关，市民的购买力有所增强。同时与地面其他交通工具相比，地铁安全、快捷、舒适、不堵车的优势，无疑吸引了广大市民。1月1日地铁单日客流突破50万人次，也为南京地铁进入网络化运营积累了客流疏散经验。
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