据介绍，3号线南京站为地下负四层车站，车站总建筑面积为47280平方米，最深处达30米，相当于9层楼高。如此之“深”，3号线和1号线如何换乘？中铁十九局3号线项目部赵工介绍，3号线呈东西走向，1号线则为南北向，在地下呈立体交叉状，乘客无须走出地面，就可以通过一条新建的换乘通道实现自由换乘，非常方便。
南京地铁3号线由江北林场站向南延伸，穿越长江后，在南京站与1号线交叉，然后下穿玄武湖，沿太平北路到大行宫站与2号线相交，穿过繁华的夫子庙地区后，再经过卡子门地区到达南京南站，横穿秦淮河后，沿利源路南行，于清水亭路转入诚信大道后，向南转入双龙大道，至终点秣周路，线路全长40.188公里，共设车站28座。南京地铁指挥部有关人士告诉记者，作为过江线路，“三号线的建设难度，在南京地铁建设史上是前所未有的。线路上存有多处断裂带和断层，还要下穿长江、玄武湖和内外秦淮河；在城中将碰到古河道、淤泥质黏土，在城北穿越岗谷地和岩溶区，这些都将增加施工难度。
