2005年，一对祖孙在沈阳被呼啸而过的火车夺去生命。而沈阳铁路局下属的铁路运输法院最终判决一次性补助死者家属人民币600元，即每人300元;2008年5月4日，北京律师王宇在检票时与车站工作人员发生冲突，王宇投诉“民警执法不公”，却反被铁路公安拘捕、铁路检察院起诉、铁路法院审判。全国设立三级铁路运输法院、检察院，“两院”的经费、人事由各级铁路局负责，往往被看成铁路局的下属单位。“自己人管自己人有失公平!”沈阳铁路检察院一位工作人员说，历年的全国两会上，取消铁路“两院”、防止司法权力的部门利益化的提案、建议屡见不鲜。
原有铁路法院名称不变、案件管辖不变。正在审办的案件，仍正常审理。6月21日，辽宁省铁路法院、检察院移交协议签字仪式在沈阳举行，标志着辽宁省境内的铁路运输法院、铁路运输检察院正式移交地方，实行司法属地管理。
铁路司法“儿子审老子”是常事
中国铁路司法系统起源于上世纪50年代初，是学习当时苏联的体制建立的。按照铁路局的布局，全国设立三级铁路运输法院、检察院。
沈阳铁路局位于东北路网的中南部，管辖线路跨及辽宁、吉林省的全部，内蒙古自治区东南部，黑龙江省南部，河北省东北部分地区，共辐射4省1自治区。因此，沈阳铁路局下属的法院、检察院，分布在两省一区(即辽宁省、吉林省和内蒙古自治区)，管辖沈阳、丹东、锦州、长春、白城、吉林、图们、大连、通化、通辽10个基层院。
沈阳铁路检察院一名工作人员透露，与地方不同的是，铁路法院、检察院的法官、检察官并非公务员，而属于企业编制。“两院”业务则归辽宁省检察院沈阳铁路运输分院和沈阳铁路运输中级法院管理。铁路“两院”的经费、人事由各级铁路局负责，因此“两院”往往被看成铁路局下属单位。
随着社会的发展，铁路“两院”的职能大大消减，其间的弊端逐渐凸显。“财权、人事权不独立，铁路司法变成儿子审老子，自己审自己”，类似的质疑从未间断过。
铁路“两院”移交两省一区
2009年7月，中央编办下发通知，提出铁路公检法干部要从“企业职工”转变为“公务员”，冻结人事为了今后的转制。在将近3年的时间里，铁路“两院”人员不能出、不能进。
2010年12月，中编办、最高法院、最高检察院、铁道部等联合发文，要求铁路法院和铁路检察院与铁路运输企业全部分离，一次性整体纳入国家司法管理体系，铁路两院的改制正式启动。
辽宁省检察院沈阳铁路运输分院政治部主任王刚透露，因为沈阳铁路局下属的法院、检察院跨辽宁、吉林两省和内蒙古自治区，因此，跨省移交相对麻烦，涉及财政收入、级别平衡等各类省际协调。
王刚透露，从前年年底开始，沈阳铁路局就开始和两省一区汇报、沟通、研究具体移交方案，“很多事最终还得铁道部认可”。
今年6月20日，沈阳铁路“两院”移交地方在吉林省率先拉开序幕。沈阳铁路局分别与吉林省高级法院、吉林省检察院签订移交协议，自此沈阳铁路局在吉林省境内长春、白城、吉林、图们、通化“两院”正式移交地方，实行司法属地管理。
6月21日，沈阳铁路在辽宁境内的沈阳、丹东、锦州、大连“两院”也正式移交给地方。知情者透露，通辽“两院”将移交给内蒙古自治区。
变成公务员 工资少2000元
“两院”移交地方后，原有铁路法院名称不变、案件管辖不变。正在审办的案件，仍正常审理。
辽宁省检察院沈阳铁路运输分院一名工作人员透露，以往“两院”由铁路局和检法共同管理，通辽、长春、白城、吉林、图们、通化“两院”移交给内蒙古和吉林，人财物从铁路系统剥离出去，而业务管理不变，依旧归辽宁省检察院沈阳铁路运输分院和沈阳铁路运输中级法院管理。
“两院”内部人员推测，“‘人家帮你养人，什么事还都得听你的’，这种局面很有可能在随后的工作中发生改变。”同时，可能发生改变的是，“两院”管辖权限扩大，“目前，丹东、营口港等港口与交通有关的案件也都收归由‘两院’管理。”
铁路段是死的，但火车是动态的，划归属地管辖后，如果列车行驶到异地发生刑事案件，该由哪家检察院承办?“两院”内部人员透露，目前仍按照最高法院、最高检察院、公安部的相关规定执行：列车上发生的刑事案件，由负责该车乘务的乘警队所属的铁路公安机关立案，车站铁路公安机关向同级铁路运输检察院提请批准逮捕或者移送审查起诉。
铁路“两院”移交地方后，“两院”人员摇身一变，全部成为公务员。沈阳铁路检察院一名正科级干部透露，他们的身份变了，但工资也会随之发生巨大变化。“以前，我们是由铁路发工资，除基本工资外，每年还有分红。一个月能有6000多元，但转为公务员后，工资具体如何发放，目前还没有接到通知。但从其他省市移交后的情况来看，我一个月的工资得少开2000多元。”
