(一)多主体投资增加管理难度
广东省高速公路的管理基本是一路一公司，主要由外商投资、上市公司投资、企业投资或施工队带资款等，经营性公路收费项目基本采用的是由项目投资各方按出资比例组建项目公司共同经营和管理的模式，经营主体多元化。投资多元化的局面有其历史原因的。它虽然有利于广泛吸收社会资金，但易造成管理混乱，特别是高速公路，形成“一路一公司、建管一体化”的管理体制，导致各高速公路实行独立收费，主线收费站偏多。各公司各自为政，管理手段方式各不相同，一条路被分成若干段建设和收费，不但增加成本，而且管理困难，公共政策的推行也受影响，管理上容易造成混乱。
由于涉及较多的境外资金和权益，回收谈判的难度大，多头管理的局面长期得不到解决。
(二)建设高峰导致企业财务风险增加
截至2009年底，全省收费公路的总债务近3000亿元，其中绝大部分为银行贷款、群众集资和施工队带资款。根据规划，十二五期间广东省的高速公路建设任务仍非常艰巨，新一轮投资建设高峰将增加高速公路行业的财务风险。截止目前，由广东省交通集团承建的高速公路在建项目共12个，建设总里程共约640公里，总投资约550亿元。较前期建设的高速公路，这些项目的投资额巨大，这将对全省高速公路的整体盈利能力产生一定的影响，也会给企业带来较大的财务风险。
(三)高速公路收益苦乐不均
根据对2008年-2010年高速公路年均投资回报率与回收投资时间的大致估算结果看，大部分高速公路的收费标准比较合理，高速公路投资回报率的整体水平和国外的水平(如香港为13%)接近，少数车流量较大的高速公路的收费标准在给定的经营期限下略显偏高，个别高速公路的投资回报率偏低。如，投资回报率最高的机荷西高速接近20%，投资回报偏低的路段主要集中在粤东粤西等地，如茂湛、西部沿海、新台、汕梅、河惠、普惠和揭普等高速公路，日均车流量均不超过6000辆，亏损严重，如果车流量没有大的增长，则很难收回投资。
(四)缺乏对服务的监管和约束
理论上，高等级公路营运管理的目的是向全体用户提供安全、畅通、优质的行车标准和服务水平，这一目的也就决定了高速公路的服务性。高速公路在收费的同时有义务向消费者提供优质服务。而优质的服务不仅代表了高速公路必须匹配等级、完善的现代化设备和设施，还必须坚持服务质量。实践中，截至目前，“八五”、“九五”期间建设的高速公路如今已到了规定的大修期，而由于大量的超载超限运输行为，部分近期修建的高速公路大修周期缩短，多条高速公路面临大修、扩建任务。在大修扩建的过程中，道路封闭、速度降低等给行车带来了极大的不方便，车主投诉和反映较多。
(五)价格管理方式不够灵活
广东省收费公路采取收费立项、站点审批、标准审批的审批程序。收费年限在立项时就确定，收费标准在公路通车三个月前，逐级上报到广东省交通厅、物价局，两家会审后联合上报广东省政府批准，一般情况下，收费标准和年限不会更改。由于路桥收费定价不仅考虑投资、营运和养护成本，还考虑车流量等难以准确预测的因素，因此，部分路段因实际车流量高于预测车流量而获得超额收益，而部分路段因实际车流量低于预测车流量而出现经营亏损。
