随着北京高速公路的发展，收费公路也不可避免地出现了一些问题。
1.高峰时段部分收费站车辆排队现象较为明显。 由于北京市收费高速公路交通量在时间上和空间上分布不均匀，造成一些高速公路收费站高峰时段出现排队现象 以八达岭上清收费站为例，受条件限制，该收费站进京方向仅有一条收费车道，高峰时段该出口自然交通量可超过500辆/小时 而通常情况下，封闭式收费站收费出口通行能力为每小时220辆小型车。 因此，高峰时段通行能力严重不足，经常出现车辆排队情况，严重时排队车流一直延伸到主路 。虽然首发公司采取了增加人工复式收费的措施，但只能起到临时缓解的作用。
2.一些路段收费标准不一。 北京市收费高速公路的一些路段收费站间距较小，且收费标准存在明显差异 以京通路为例，由于路线较短均采用一制收费制式，京通路全线设有4个收费站，各收费站平均间距不足4公里。 以小型车收费标准为例，小型车进出八里桥主线收费站的全程收费额为10元，而临近八里桥站的会村收费站进出收费额仅为5元，两站间距约为3公里 由于两站收费标准相差5元而距离仅差3公里，导致一些经过八里桥站的车辆从辅路绕行会村收费站，造成会村收费站高峰时段经常性地排队，会村与八里桥站辅路交通拥堵。
3.部分收费路段与其辅路间交通量分配不合理 北京市一些收费高速公路沿线两侧设置有辅路，如京通路 八达岭路 京开路等 虽然与高速公路相比，其辅路为车辆用户提供通行服务水平的级差明显，但车辆用户 (尤其短途用户)出于成本考虑，往往选择辅路通行，而辅路缺乏机动车道与非机动车道的隔离措施，通行条件低于高速公路主路条件，导致辅路部分路段 (尤其辅路) 交通拥挤状况严重。
4.高速公路定位有待进一步合理化 北京城市总体规划 (2004-2020 年)明确提出公路与城市道路的交接点在五环路 由于北京市城市范围扩展非常迅速，尤其北部和东部地区，虽地处五环路以外，但基本上也实现了城市化，道路功能实际上已由公路转化为城市道路 按照制度安排，对除符合要求的桥梁和隧道外的城市道路实施收费缺乏法律依据 因此，2004年北京市不仅取消五环路收费，而且也取消了五环路之内的全部放射线高速公路收费站，但对于行驶距离超过五环路的车辆用户仍需按原来的起点计算里程收费，对此，引发人们异议。
