1953年，我国建立铁路运输法院，1954年，建立铁路运输专门检察院。天津铁路沿线专门法院和天津铁路沿线专门检察署是第一个铁路专门法院和铁路专门检察署。1957年，铁路两院被撤销。
1979年，我国设专门检察院、法院。1982年，开始重新组建铁路司法系统。
1987年，国家撤销铁路运输高级法院和全国铁路运输检察院，铁路运输中级法院和铁路运输检察分院的工作改由所在省一级法院、检察院领导，但铁路基层两院与铁路运输中级法院、检察分院之间的业务关系不变。
2010年12月7日，中编办、最高法和最高检联合发出《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》，明确改革目标，要求铁路两院同铁路运输企业全部分离，一次性整体纳入国家司法管理体系。
今年2月23日，最高法下发通知要求尽快完成铁路运输法院改革，在今年6月底前完成铁路运输法院向地方的移交。
