方案提出，将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部。交通运输部统筹规划铁路、公路、水路、民航发展，加快推进综合交通运输体系建设。组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责，负责拟订铁路技术标准，监督管理铁路安全生产、运输服务质量和铁路工程质量等。组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责，负责铁路运输统一调度指挥，经营铁路客货运输业务，承担专运、特运任务，负责铁路建设，承担铁路安全生产主体责任等。同时，不再保留铁道部。

　　国家行政学院教授汪玉凯点评国务院机构改革，称“铁路企业化运行以后，在外部的压力下，可能会降低铁路运行的成本，有了民间资本加入，可能增加铁路内部的竞争力，降低铁路运行成本，老百姓会得到实惠。”