2月6日，台湾高铁台南站贴出停驶公告。受台湾南部地震影响，当日上午9点以前从高雄北上的高铁全部停驶，从台北到台中以南各站的高铁取消。高铁目前只维持台北到台中正常营运。台湾高铁宣布，地震后轨道巡检时发现，台南以北30公里电车线系统受损严重，估计修复需要相当时间，下午5时以前台中以南将无法正常营运。
台铁当天都正常营运，并因应高铁部分列车停驶，各级对号列车还增停新左营、台南、嘉义、田中及新乌日站，同时在南下新乌日-高雄及北上高雄-台中，各加开一列。
6日是台湾民众俗称的小年，也是台湾9天春节长假的第一天。许多民众买了高铁票要返乡，但现在只能坐到台中再改搭台铁或客运，或自己开车。
