从历史上看，伦敦塔既是一座坚固的兵营城堡，也是一所关押政治犯的监狱。二战期间，这里曾关押了一名英国“最重要”的囚犯——纳粹德国的副元首鲁道夫-赫斯。1941年5月，赫斯登上梅塞施密特110D飞机从德国神秘地飞往英国，在苏格兰跳伞着陆，随后被俘并被审讯。至于他为什么飞往英国，赫斯则始终没有透露，丘吉尔对此也是百思不得其解，并命令把赫斯关进伦敦13个塔楼之一的绿塔。丘吉尔曾嘱咐当时的外相安东尼-艾登，要保证赫斯的身体健康和生活的舒适。要为他提供食物、书本、纸笔和娱乐品，但不允许他与外界有任何联系。
伦敦塔：英国“最有价值”的囚犯——鲁道夫-赫斯的关押地
关于飞往英国的动机，赫斯始终守口如瓶。英国情报部门从反复的审问过程中，以及赫斯写给家人的信中都没有得到任何合理的解释。后来出于安全考虑，赫斯又被转移到范堡罗的维多利亚大厦塔，1945年被送往纽伦堡接受战争罪的审判。在被判处终身监禁后，赫斯于1987年自尽身亡。
此外，关押在伦敦塔的还有另外一名德国间谍——约瑟夫-雅各布。他被关在位置较为隐蔽的警官塔，后来被枪决，他是在伦敦塔被处决的最后一名犯人。
丘吉尔曾下令不惜一切代价保护这座大教堂。在1940年8月至1941年春的大轰炸期间，这座木结构的建筑却一次又一次躲过了德军的致命袭击。1939年伦敦市民自发成立了一个由200人组成的教堂护卫队。在其他伦敦市民都躲进防空洞时，护卫队员却要守在教堂顶上阻止教堂被炮弹袭击。最惊险的一次是一名护卫队员成功地将一枚燃烧弹从教堂顶推下，使教堂免于大火。此外，炮弹也曾穿透教堂的房顶，引起爆炸，几乎将教堂顶掀翻，但是它最终还是幸免于难。
诺福克旅馆
诺福克旅馆——欧洲盟军最高指挥部所在地
位于圣詹姆斯广场的诺福克旅馆，曾是艾森豪威尔领导下的欧洲盟军最高指挥部所在地。诺曼底登陆计划就是在这里完成的。诺福克旅馆现在并不对公众开放。
唐宁街10号附近的地下堡垒——英国战时内阁指挥中心
这座地下堡垒是丘吉尔的战时密室。它由270厘米厚的混凝土浇铸而成，1945年被废弃后依然保持原貌。战争期间的地图仍然挂在墙上，一排排的电话看上去好像随时会响起一样。
