日本著名的博物馆主要集中在大城市，如东京、大阪和名古屋等。但中小城市，甚至村镇中也都有一些独具特色的博物馆。以下是日本最著名的八大博物馆：
东京国立博物馆
世界著名博物馆。在东京上野公园。1872年创建。原为东京汤岛圣堂的文部省博物馆，1889年改为帝室博物馆，1900年又改名东京帝室博物馆。1947年博物馆由宫内省改属文部省管理，更名国立博物馆。1952年定名为东京国立博物馆，隶属文部省文化厅。东京国立博物馆由一幢日本民族式双层楼房和左侧的东洋馆、右侧的表庆馆以及大门旁的法隆寺宝物馆构成，共有43个展厅。以日本古代美术作品为中心，设20个陈列室，按时代展出日本雕刻、染织、金工、武器、刀剑、陶瓷、书画、建筑构件等展品。其中，十大弟子像、藤原佛画、雪舟泼墨山水图、狩野永德松柏屏风等都是国宝一级文物。还收藏了亚洲古代工艺美术品共88000多件，其中包括普贤菩萨像、松林图屏风、平治物语绘词和白氏诗卷等87件国宝。
国立西洋美术馆
位于东京都台东区，创建于1959年。是专门收藏西洋美术作品的美术馆。位于东京都台东区的上野公园内。青柳正规于2005年开始任职馆长。馆内共收藏了4400件西洋绘画、雕塑作品，如罗丹的雕塑作品《思想者》、鲁本斯的绘画作品《丰饶》和雷诺阿的《阿尔及利亚风格的巴黎舞女》以及以莫奈、高更为首的印象派画家的绘画作品。国立西洋美术馆是作为松方幸次郎回国的条件而建立的。本馆由法国建筑家Le Corbusier担任设计，由其弟子前川国男、坂仓准三、吉阪隆正三人实施监督和建造。新馆则由前川国男担任设计的。在常设展品中，除了有松方幸次郎的收藏品，还包括了后来购入的一些从文艺复兴时期到20世纪初的西洋美术作品。像国立西洋美术馆这样能够参观到Old Master（18世纪前的伟大画家）的作品的美术馆在日本屈指可数。
国立科学博物馆
位于东京都台东区，1882年开馆。馆内以不同内容分为五个专题馆，展品有恐龙的骨格复原像和由阿波罗宇宙飞船上的宇航员采集的月球岩石标本等。位于上野公园内的国立科学博物馆是日本从绳文•弥生时代到古坟时代的遗迹，还有一部分是曾在幕末明治维新时期遭烧毁的宽永寺子院落群遗迹。1944年，发掘工作随博物馆新馆整修工程进行，在当时上野本馆正面设置的座头鲸模型（现白长须鲸模型的展示位置）和当时探险馆的一部分发掘出古代遗迹。发掘成果有：江户时代宽永寺青龙院的基石、地下室、井等遗迹；江户时代（17世纪末到18世纪初）的瓷器、陶器、土器，及大量当年在大火中焚毁的瓦片；日本早期从安南（现越南）进口来的安南染制品碎片；弥生时代的竖式穴居遗迹；古坟时代的土俑•陶俑碎片。另外还在旁边的国立西洋美术馆发掘出竖式穴居遗迹。
江户东京博物馆
位于东京都墨田区，1993年开馆。分江户和东京两个馆区，用各种各样的资料和模型展示了不同时代的文化和风俗。江户东京博物馆是一栋造型奇特的博物馆，拥有两层宽敞展示厅，以展出东京的历史发展为主，一入馆可看见一座仿制的木拱式日本桥，日本桥自古以来即为东京的代表建筑，多次出现在精美的浮世绘上而闻名。馆内收藏包罗万象，充分展现出东京每个时期的生活风貌，有实物比例的复制品，也有早期的生活用品，也有手工艺品与医药相关收藏，展示品还包括了十八世纪的茶房，剧院和妓院模型，反映出江户曾是世界上最繁华的城市，以及政治与消费城市。
京都国立博物馆
开馆于1897年。主要收藏日本的出土文物和平安时代以来的美术、工艺美术作品，其中有很多国宝。京都国立博物馆占地102,623平方米，是日本明治中叶时期建造的法式文艺复兴风格的博物馆。明治初年，在欧化主义和“排佛弃释”的浪潮中，轻视、破坏文物之风盛行。为了保护那些神社和寺庙中的文物免遭破坏，1889年，当时的宫内省决定在京都设立博物馆，于1897年建成开放。京都国立博物馆的馆藏品偏重于11世纪到14世纪的平安朝到室町幕府时期。以日本古代美术作品为中心，分成考古、石器、陶器、绘画、书法、生活用具与刀剑等不同主题的展示室。此外，还收藏了亚洲古代工艺美术品共88800多件，其中包括了普贤菩萨像、松林图屏风、平治物语绘词和白氏诗卷等87件国宝。
国立民族学博物馆
位于大阪府吹田市，开馆于1977年。馆内收藏的标本资料多达20多万件。其中世界各地不同民族的音乐和语言的展示和解说非常引人注目。日本民族学专门性博物馆。位于大阪近郊万国博览会纪念公园内。占地面积4万平方米，建筑面积1万平方米，陈列面积5732平方米。创建于1974年，开放于1977年。该馆收藏有关世界各民族历史、语言、宗教、艺术、工艺、家庭结构、住所、织物、食物、器具以及手抄资料、照片、胶卷、档案、磁带、唱片等文物资料共约11万件。按大洋洲、美洲、非洲、西亚、东南亚、中亚、北亚、东亚8个地理区域展出，并分音乐和语言作专题陈列。
横滨玩偶之家
位于横滨中华街和山下公园之间，1979年开馆。是专门收藏玩偶的博物馆。馆内收藏了135个国家的9000多个玩偶。
雕刻森林美术馆
位于美丽的箱根风景区，1969年开馆，为日本最初的野外美术馆。占地约7万平方米，内有包括罗丹在内的日本和西方著名雕塑家的作品，还辟有毕加索馆等，非常值得一看。
